Bölgede, bilinen ilk hakimiyeti, M.Ö. 725´lerde Argead Hanedanından, Birinci Perdikas kurdu. Makedonya Krallığını kuran bu hanedan, Yunan asıllı değildir. Krallık Sırbistan ve Trakya´da genişledi. Bölge, M.Ö. 513´ten 479´a kadar Perslerin işgalinde kaldı. Perslerin çekilmesiyle Makedonya Krallığının başşehri Pella oldu.

Kral İkinci Amiktas, Üçüncü Fredikas, İkinci İskender devrindeki hanedanlık kavgalarında, kuzeyden Balkan kavimlerinin istilasına uğradı. M.Ö. 359´da İkinci Filip´in kral olmasıyla, devletin otoritesi kuvvetlendi. Hanedan kavgasına son verilip, istilacılar çıkartıldı. Sınırlar genişletildi. İkinci Filip´ten sonra yerine Büyük İskender (M.Ö. 334-323) kral oldu.

Büyük İskender, Yunanistan, İran, Anadolu, Suriye ve Mısır´ı alıp, Türkistan ve Hindistan´a girdi. Büyük İskender, kazandığı savaşlar sonunda ahlaksızlıklarda azıtıp, otuz üç yaşında sefaletle ölünce, M.Ö. 323´te Dördüncü İskender kral oldu. Onu Büyük İskender´in kumandanlarından Antigonos Kiklons öldürerek, Makedonya krallığına geçti. Antigonos Makedonya´da yeni hanedanın kurucusudur.

Romalıların bölgeye hakim olmasına, Makedonya Krallığı karşı koymuşsa da, M.Ö. 172-168 yılları arasında üçüncü sefer sonunda yenildiler. Makedonya Roma İmparatorluğunun bir eyaleti haline getirildi. Avrupa´daki kavimler göçü esnasında ve sonrasında sık sık istilaya uğrayan Makedonya, miladdan sonra 6. yüzyılda Slavlaşmaya başladı. Dokuzuncu ve onuncu yüzyıllarda Bulgarlar bölgede kuvvet kazandı. Dördüncü Haçlı Seferinde 1204-1224 yılları arasında Makedonya´da Latin Krallığı kuruldu. 1230´larda Bulgarların, 1280´de de Sırpların hakimiyetine geçti.

Osmanlı Devleti, Anadolu´da kurulup, adalet üzere idare edilmesi sayesinde kısa zamanda genişleyip, 14. yüzyılda Avrupa kıtasına da hakim olmaya başladı. Osman Bey devrinde, Makedonya´ya ilk Osmanlı akını 1324 yılında yapıldı. Osmanlı Sultanlarından Birinci Murad Han devrinde, 26 Eylül 1371 Cirmen Zaferiyle Türklere Makedonya´nın kapıları açılarak, Balkanlardaki mukavemet kırıldı.

1371´den sonra başlatılan Makedonya fütühatı, 1373 yılına kadar tamamlandı. 1371´den 1877-1878 Osmanlı-Rus (Doksanüç) savaşına kadar fasılasız Osmanlı hakimiyetinde kalan Makedonya, 1878´de Rusların işgaline uğramışsa da, aynı yıl yapılan Berlin Antlaşmasıyla tekrar kurtarıldı.

1912- 1913 Balkan savaşı felaketinden sonra, Makedonya Osmanlı hakimiyetinden çıktı. Bölgedeki Türk ve Müslüman ahali Anadolu´ya göç etmek mecburiyetinde kalmasına rağmen, bölgede hala çok sayıda Türk-İslam nüfusu yaşamaktadır.

1371´den 1913 yılına kadar Osmanlı hakimiyetinde kalan Makedonya on dokuzuncu yüzyılın ortalarına kadar barış, sükun ve huzur devrini yaşadı. Bu devirde Makedonya´da sanat değeri yüksek mimari eserler inşa edildi. Ahalinin sosyal ve kültürel ihtiyaçlarının karşılanması için pek çok müesseseler kuruldu. Sivil ve askeri okulların açılması ve çeşitli müesseselerin kurulmasıyla Makedonya´nın hayat ve kültür seviyesi yükseltildi. Bölgedeki Osmanlı eserlerinin çoğu haçlı, slav ve komünizm zihniyetleriyle tahrip edilmesine rağmen, geride kalanlar dahi o devrin şaheser abidelerindendir.

Makedonya´nın Türklerin hakimiyetinden çıkması, 19. yüzyılda şiddetlenen Papalık ve Rusya´nın propagandası sebepiyledir. Bölge Osmanlıların elinden çıkmasıyla, toprak bütünlüğünü kaybetti. Önce Balkan devletleri arasında savaş meydanı haline gelen Makedonya, Birinci Dünya (1914-1918), İkinci Dünya (1939-1945) savaşlarında da aynı akibete uğradı. İkinci Dünya Savaşı sonunda, 1947´de Makedonya Bulgaristan, Yugoslavya ve Yunanistan arasında paylaşıldı.

Yugoslavya sınırları içinde kalan Makedonya topraklarında, Yugoslavya´yı meydana getiren cumhuriyetlerden biri olan Makedonya Cumhuriyeti kuruldu. Makedonya Cumhuriyeti, Yugoslavya´nın parçalanması üzerine kurulan Yeni Yugoslavya´dan 1991´de yapılan referandum ile ayrıldı ve bağımsız bir devlet haline geldi.

Birçok ülke Makedonya´yı tanırken, Yunanistan´ın itirazı ile Avrupa Devletleri tanımadı. Bunun nedeni ise yeni cumhuriyetin, Yunanistan´daki bir bölge ile aynı ismi taşıması idi. Yeni devletin isminin değiştirilmesi yönünde Yunanistan´ın istekleri hala devam etmektedir.