Afganistan?da iç savaşın çıkış sebeplerinin başında Afgan mücahit gruplarının kabile yapısından kendilerini kurtaramamaları gelir. Bu durum Sovyet ordusunun çekilmesinden sonra da devam etmiş, ülkede birlik ve beraberlik sağlanamamıştır. Mücahit gruplar kabilelere dayanmalarının yanısıra ?Ilımlılar? ve ?Radikaller? olmak üzere ikiye ayrılmışlardır. Ayrıca Afganistan?da yaşayan 6 milyon dolayındaki Türk?te ?Müslümanlar Birliği? adlı ayrı bir grup oluşturmuştur.

Türk mücahit grubunun başına geçen Azad Beg, Peşevar vadisine göç eden ve Afganistan?da kalan Türkleri bir araya toplamıştır. Ancak bu Türk mücahit grubu, Türkiye veya uluslararası kuruluşların sağladığı yardımlardan faydalandırılmamıştır. Bunun üzerine Türkiye, Pakistan?da yaşayan Afganlı mültecilerden 5 bin kişilik bir Türk grubu Türkiye?ye getirmiş ve diğerlerine de özel yardım yapmıştır.

Sovyetler?in Afganistan?dan geri çekilmelerinden sonra Azad Beg, Afgan Türklerinin liderliğini, bir zamanlar Afganistan ordusunda da görev yapmış olan General Raşit Dostum?a bırakmıştır. Afganistan Türkleri arasında Türkiye Türkleri için Atatürk benzeri bir misyon yüklenen General Dostum, Türk mücahit gruplarını kısa sürede düzenli orduya çevirmiş ve haklarını korumaya çalışmıştır.

Sovyetler ve Amerikalıların anlaşması üzerine Afgan mücahit gruplarından yedisi, Kasım 1987?de bir ittifak kurmuşlar ve Afganistan?daki Necibullah hükümetini tanımadıklarını duyurmuşlardır. Ayrıca bu mücahit grupları arasında varılan mutabakat gereği; kurulacak yeni Afgan hükümetinde her bir mücahit grup lideri üçer aylık dönemler için başbakanlık görevi üstlenecekti. Ancak bu karar; Amerika, Sovyetler Birliği ve Pakistan tarafından desteklenmedi. Artık Afganistan için gelecek günlerde, mücahit gruplar arası iktidar mücadelelerinin sürdüğü kardeş kavgası felaketi yaşanacaktı.

Afganistan?dan çekilmeden önce Sovyetler, yönetime kukla Necibullah?ı getirmişler ve daha sonrada bütün güçleri ile desteklemişlerdir. Necibullah kuvvetleri ile mücahit grupları arasındaki çarpışmalarda, her iki taraf ve sivil halk büyük kayıplar vermiştir. Kanlı çarpışmalardan sonra silah ve askeri azalan Necibullah, ailesi ile birlikte Kabil?deki BM binasına sığınmıştır. Böylece Afganistan, mücahit grupların eline geçmiştir. Mücahidlerin kurdukları hükümette başbakanlık görevine Rabbani gelmiş ve yıllardır harap ve bitap düşmüş ülkedeki yaraları sarmaya çalışmıştır.

Ancak kısa bir süre sonra ise, yeni hükümete karşı muhalefet büyümüştür. Ardından da bölgedeki Amerikan ve Pakistan çıkarlarını korumak amacıyla organize edilen Taliban örgütü, mevcut hükümeti tanımayarak ülkeyi silah zoruyla ele geçirmiştir. Taliban birlikleri ile hükümet yanında yer alan Ahmet Şah Mesut ve General Dostum birlikleri arasında çok çetin ve kanlı muharabeler olmuştur. Savaşan taraflar ve sivil halk, çok büyük kayıplar vermiştir.